L'Akatsuki est une organisation composée à l'origine de 10 ninjas déserteurs (9 suite au départ d'Orochimaru), provenant de différents pays du monde Shinobi. Ce groupe, fondé par Pain, est considéré par les autres ninjas comme étant l'organisation criminelle dangereuse et redoutée. Tous ses membres sont des criminels recherchés de rang S.
Sur les 10 membres d'origine, quatre sont morts : Deidara, Sasori (remplacé par Tobi), Kakuzu et Itachi. Hidan, lui, a été mis hors d'état de nuire par une sévère explosion provoquée par Shikamaru Nara. L'Akatsuki ne compte donc plus que 5 membres : Kisame Hoshigaki, Zetsu, Pain, Konan, et Tobi, cerveau et leader secret de l'organisation.
Cette organisation compte l'adhésion des quatre membres de l'équipe de Sasuke Uchiwa, l'équipe Taka.
Facilement reconnaissables, les membres de l'Akatsuki se déplacent en binôme (sauf Zetsu qui semble agir seule) vêtus d'une longue robe noire décorée de nuages rouges et portent une sorte de chapeau de paille chinois. Ils possèdent aussi une bague portant chacune un kanji différent et portée chacune à un doigt différent.
L'Akatsuki est actuellement à la recherche des Bijuus, des démons légendaires dotés de pouvoirs hors du commun. Chaque membre est censé en capturer un. Une fois qu'un Jinchuuruki ou qu'un Bijuu est capturé (nota : un Bijuu n'est pas nécessairement enfermé dans le corps d'un Jinchuuruki), le leader de l'Akatsuki invoque une étrange créature qui ressemble trait pour trait à l'invocation Anima aperçue dans le jeu vidéo Final Fantasy X. Cette créature monstrueuse semble pouvoir « stocker » le Bijuu.
Pour que la cérémonie d'extraction du Bijuu se déroule dans les meilleures conditions et dans un souci d'efficacité, chaque membre doit être présent et aider à l'extraction. Cette cérémonie peut prendre plusieurs jours. La durée de l'extraction dépend du nombre de membre présent.
Jusqu'ici, ils ont obtenu 7 démons, dont le Shukaku de Gaara capturé par Deidara, le démon Nibi de Yugito Nii(personnage secondaire du pays des nuages) capturé par Hidan, le démon Sanbi (qui n'avait pas de réceptacle) capturé par Tobi avec l'aide de Deidara et le démon Yonbi capturé par Kisame Hoshigaki.Ainsi que le démon Hachibi capturé par l'équipe Taka.
Dans le chapitre n°329, le chef de l'Akatsuki nous livre enfin leur véritable objectif.
Selon ce dernier, cet objectif sera atteint en 3 phases :
La première étape est le financement, c'est-à-dire la recherche d'argent primordial pour commencer.
La deuxième étape est l'utilisation de cet argent pour créer la première organisation de mercenaires dans le monde des Shinobis. Et cela dans le but de concurrencer les grandes puissances que sont Konoha, Suna, etc. Grâce aux Bijuus, ils provoqueront des guerres qui généreront suffisamment d'argent pour agrandir leur armée et écraser tous les villages.
La troisième et dernière étape : Conquérir et dominer le monde ! ! !